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故事发生在一座孤岛的研究所中。从少女时期就开始过着完全隔离生活的天才程序员——真贺田四季博士被关押在那里。为了见这位天才一面，那古野大学的准教授犀川创平与学生西之园萌绘来到了研究所。在那里，师生两人目击了一起离奇的杀人案：原本不会有人员出入的房间里，却出现了身穿婚纱、支离破碎的尸体。两人被卷入了不可思议的密室杀人事件……

“真相就像骨头，虽然隐藏在皮肤、脂肪与血肉之下，却默默支撑著所有的一切。事物之间必有关连，就像生物必有骨肉一样。”居住在北海道旭川一栋复古宅邸里的美人大小姐·九条樱子有个令人难以理解的嗜好：她是个“比起三餐更爱骨头”的人，除了身为组立骨头的标本师以外，她也负责解开杀人事件，并充任验尸官之职。哪儿有“死亡”，她就往哪儿跑。住在附近的平凡高中生·馆胁正太郎是樱子小姐的好朋友，虽然知道樱子小姐个性古怪，但还是为她所着迷，跟着她到处跑，结果碰上了不少和尸体有关的事件。

随漫画限定版单行本第15卷、第16卷同捆发售的OAD，内容为特别篇“夜斗神连续杀人事件”。

铃木次郎吉以远高于他人出价的3亿美金将梵高的名作《向日葵》拍下。这则梦幻大新闻向全世界播出，柯南与小兰也津津有味的看着转播。当正要征集专门保护《向日葵》的护卫队“七大武士”的时候，怪盗基德突然出现，宣战预告。就在此时，在一片骚动的会场上，出现了追随基德而来的高中生侦探工藤新一的身影。不久之后，载有《向日葵》的客机在飞往日本的途中受到了“白色身影”的突然袭击。飞机发生爆炸，画被盗走。围绕独一无二的珍宝，谎言与真实交织的艺术推理剧拉开序幕。